La Secretaría Auxiliar de Apoyo Integrado (SAAI), adscrita a la Subsecretaria para Asuntos Académicos y Programáticos, colabora en la formación del estudiante mediante el desarrollo de valores y de una conciencia inspirada en la automotivación, buena salud física y socioemocional. Fomenta buenas relaciones humanas, el liderazgo y el servicio comunitario como elementos fundamentales para alcanzar el aprendizaje en los estudiantes. Además, examina transformación de los programas de servicios al estudiante mediante un sistema efectivo, de respuesta rápida basado en la toma de decisiones para la solución de los problemas más apremiantes que afectan su aprendizaje.

La SAAI integra unas series de áreas de servicio, recursos educativos y de prevención dirigidas a los estudiantes, madres, padres, encargados, maestros y personal de apoyo de las escuelas.  Reconociendo que el ser humano es un ser integral, la Secretaría se enfoca en estrategias que permitan el proceso de desarrollo de conocimientos y destrezas sociales y cognitivas para que el estudiante comprenda, disfrute y mejorar su calidad de vida. 

Se desarrolló el  Modelo Biopsicosocial para atender a los estudiantes de manera integral y brindarles apoyo el de salud física y emocional. Los Programas de Enfermería y Psicología Escolar, se integraron a los servicios brindados por los consejeros escolares y trabajadores sociales en cada una de las escuelas.